南师9月19日示疾，并入深深定，29日示寂，30日中秋之夜，亲友学生们在太湖大学堂为南师举行荼毗仪式，主持人的话语，凝练而精彩：南老的一生如今夜之明月如此圆满！南老的愿望是希望所有的人都如此圆满。
南师在世，教化一生，给人们留下了近五十部著述，时间会证明，她是人类的一笔巨大的精神财富。南师走了，但书在师在，我辈自当以书为师，勤学不辍，让生命驶向正确的航程，不辜负南师之望。
南师亲著的第一部书是《禅海蠡测》，成书于1955年7月。这是一本禅学专著，被尊为南师的传世经典之作。全书二十来万字，以禅宗为主眼，而融会三教，归趣一元。在《参话头》、《中阴身》及《修定与参禅法要》诸篇，南师以一个过来人的经验，讲出禅门中被古人缄封密固不肯道破的内容。著书时南师生活窘迫，寓居台北一处菜市场中的陋室里，左手抱一个孩子，一只脚摇着篮里的另一个孩子，右手写书，曾未数月，遂成斯篇。此书积淀了南师深厚的禅学底子，直到近年，南师还多次提到它。如在一次讲学中，南师对学员发了脾气说：你们口口声声叫我老师，可就是不肯读我的书，我讲的这些，在《禅海蠡测》这本书里都有！古人云：五十知四十九非。是说一般人每长一岁，就会感觉到上一年里说的一些话、做的一些事不够妥当。而南师在九十来岁的时候，还会向学员们倾心地推荐自己37岁时写的书，可见此书的分量何等的大！南师写作惯用文言文，《禅海蠡测》初读觉难，再读渐明，三读觉妙，让我等平庸后学，也能凭此知晓生命的来与去，对死亡不再那么恐怖。
依然是在菜市陋室，南师于1960年秋完成楞严大义的译述和出版后，又一鼓作气，历冬徂春，不间寒暑昼夜，终于在1961年6月完成楞伽大义的译述初稿，后于1965年11月出版。南师对《楞严经》极为推崇，因为佛经浩如烟海，但只有《楞严经》可算是一部综合佛法要领的经典。昔日憨山大师有言：“不知法华，则不知如来救世之苦心。不知楞严，则不知修心迷悟之关键。不知楞伽，则不辨知见邪正之是非。”而现今流行的经文，大多是千年以前的译作，文意随时空发生变迁，今人已很难读懂，重为翻译和诠释极其不易。所以，当南师以一人之力，穷半岁之昼夜，完成《楞严大义今释》时，被誉为我国文化上一大事因缘。
佛经难读，佛经中楞伽经尤其难读。昔日达摩大士东来传法于二祖，同时即交付楞伽经印心。楞伽经在全部佛法与佛学中，无论思想、理论或是修证方法上，显见都是一部很重要的宝典。楞伽经的开始，首先由大慧菩萨随意发问，提出一百多个问题，个个犀利，来势汹汹，其中有关于人生的、宇宙的、物理的、人文的，都是古今中外，人人心目中的疑问。而吾佛世尊，却不随题作答，信手一搁，翻而直截了当地说心、说性、说相，直指人生的身心性命，与宇宙万象的根本体性，所示处处精妙。这一幕幕，在南师的笔下精彩纷呈；南师还随笔加注了许多说明个人见解的附论，读之深受启迪，引人入胜。在当年七八个月著述的过程中，南师深思精研，有难通未妥的地方，唯宴坐入寂，求证于实际理地，而得融会贯通。是年南师在词赋中写道：“彻夜翻经忘已晓，不知霜雪上头颅。”可想而知，《楞伽大义今释》是最耗南师心力的一部著作。
南师的著作中，除上述三部是自己撰写的外，大多数都是南师讲课，学生记录整理而成，非常口语化，通俗易懂，幽默风趣，因机施教，智泉喷涌，可读性极强。
《论语别裁》是南师的成名之作，开讲于1974年4月，成书于1976年5月。书中以经解经，把《论语》二十篇讲得前后连贯、浑然一体。南师的著作在众家注释《论语》的专著中独树一帜，一部《论语》只有一万三千七百字，而南师明确指出，在整部《论语别裁》中，一共有一百多处的解释同前人讲的不一样，他不同意宋儒的一些观点。其实，南师经纶三大教，出入百家言，他讲学和出书，是以自己的学问来教化学众；读者们读书，更多的时候也不是要搞学术、做所谓的学问，而是想寻求启迪、感悟和共鸣；故而，读者们与南师的书，往往一拍即合。
南师认为：《论语》真正是讲圣贤作人做事的修养之道，也就是孔子的内圣外王之道；在中国文化中，修心养性的方法简称叫心法，由唐尧传给大舜，大舜传给大禹，他们传位的心法就是《书经》里的〈大禹谟〉讲的：人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中。认为：《大学》是大人之学、成人之学，就是讲身心修养，这是中国教育的基本；“知止而后有定，定而后能静，静而后能安，安而后能虑，虑而后能得”这七个阶段就是学问修养的程序。2012年5月出版的《廿一世纪初的前言后语》（上册）一书，记录了南师2010年1月下旬对学生家长的讲话，南师直言：“仙佛之道在哪里？今天正式告诉大家。我的著作很多，大家要学修养身心，重点是两本书，请诸位听清楚，一本是《论语别裁》，讲圣贤作人、做事的行为……另一本非常重要的是《原本大学微言》。要问打坐修行修养之道，《原本大学微言》开宗明义都讲到了。” 南师在告诉我们，不要把静定看成是学佛修道，它是讲身心的修养，这本来就是中国一脉相承的文化传统。
2006年7月1日至7日，南师在太湖大学堂举行首次讲课及训练，这次讲课的记录形成了2008年9月出版的《禅与生命的认知初讲》一书。在过去的五十年里，南师讲文化，说佛法，已有不少记录出版问世，如《习禅录影》、《定慧初修》、《禅观正脉研究》、《如何修证佛法》、《圆觉经略说》、《金刚经说什么》、《现代学佛者修证对话》、《答问青壮年参禅者》等等，而这次在不同时空环境，一切统一在生命科学的范畴下再重头讲起，系统条理重点突出，高屋建瓴别开生面，读后有时代里程之感。
2012年4月与7月间最新出版的《瑜伽师地论》（上下册），记录了南师1980年时的讲课内容。《瑜伽师地论》是当年印度一百多岁的戒贤大师，专为东土大唐的玄奘法师传授的佛法精髓，包括了从开始学佛修行，直到成佛的全部过程和方法，是公认为学佛修持首要必读的典籍。玄奘大师翻译《瑜伽师地论》，距今已有一千四百多年的历史，译文已显艰涩难懂，少有人能对其真正讲解。另一特别可贵之处是，此书出版时经南师逐字逐句审定修定，有增添，有删减，可谁曾想到，这或是南师最后为读者这样做了。
南师还曾讲过一些课程，有记录，但尚未出版成书。知道的课程有：《中庸》、《成唯识论》、《宗镜录》、《达摩禅经》及《孟子》诸篇等，想必南师身边的大弟子们已有整理成书的计划安排，兹事功德无量，读者们期盼早日读到南师的新书。
读南师的书是一种享受，南师慈悲可爱，幽默风趣，学富五车，博古通今，一生纵横于经史子集、现代文明、实修实证、教化利生、弘扬传统文化之间，所讲所著，启迪人们的心智，滋养人们的心灵。
南师的书，是我们生命航程的指路明灯。读南师的书，足以让我等凡夫俗子在修行的漫漫征途上胸怀大信心：此生不了，期之来生，坚志三生，无有不成！
2012年10月6日，晋阳胡叩拜